2.全面控制朝鲜，排挤日本势力
由于机警果断地应付了两次事变，袁世凯在朝鲜和国内都赢得了很高的赞誉。1885年11月，清政府派他以驻朝总理交涉通商事务大臣的身份再赴朝鲜，全权处理在朝鲜的相关事务，并指导朝鲜的内政外交，直到1894年甲午战争爆发前回国。这段时期内的朝鲜问题从根本上说就是如何处理对日、俄的外交问题，袁世凯从加强中朝宗藩关系出发，积极执行李鸿章的“以夷制夷”政策。
袁世凯驻朝的这十年期间，也是中朝宗藩关系最为强化的阶段，同时，英、俄、美等势力也相继介入朝鲜半岛。面对这种复杂的局面，袁世凯认为俄罗斯是朝鲜的最大威胁。“夫俄人与在亚洲占据海口，屯驻水师，以遂其鲸吞之计，如不取诸韩，将焉取之？”相比较而言，日本由于政治上控制朝鲜的势头受挫，暂时放弃进取政策，虽然也是朝鲜的心腹大患，但在他看来，“日本疆域与朝鲜等，从以改用西法，侈言功利，外强中干，党祸迭起，自谋不暇，何暇助人？且素性狡黠，唯利是视，此可为连和，而不可为依恃也”。从袁世凯这段评论可以看出，他对日本在明治维新后的发展并没有全面、客观的认识，大体上还是和国内李鸿章等人抱有同样的看法。所以在他任内，对日外交还是以维护中朝的宗藩关系为出发点，既防俄又防日，同时利用列强之间的矛盾”以夷制夷”，中日两国在朝鲜的关系相对维持了一种和平的局面。
不过，日本对朝鲜的策略，虽然被迫作了调整，但其根本上的侵略政策并没有实质的改变，只是暂时放弃政治进取的政策，而加强经济侵略与移民，试图从经济上控制朝鲜的命脉。对这一点袁世凯却是看得相当清楚:“诚以甲申以后，至于朝鲜寇仇已深，不可复合，前此愚弄之计皆无所施，委派和平柔懦之士如高平、近藤者充当使员，周旋其间，以弭衅端，而专力于兴起商务，召集商民，盘根植固，倍屣华夏，其处心积虑固不图为今日计也。”
为抵制日本对朝鲜的经济渗透，袁世凯积极发展华夏在朝鲜的经济力量。他集中力量扩充华商在汉城与仁川的商务，采取了增建华商会馆、扩充租界以及尽力招徕华商等措施，因而华夏在朝鲜的商务及中朝之间的贸易往来发展迅速。
到甲午战争爆发以前，《江华条约》后形成的日商独占朝鲜市场的局面已不复存在，部分地区华商后来居上，甚至超过了日商的势力。此外，袁世凯还利用华夏宗主国的地位和自己的特殊地位，在对朝鲜的贷款、电报线路的铺设、远洋和内河航运等方面和日本展开竞争。经过这些努力，华夏在朝鲜的经济力量和影响日益扩大，华夏对朝鲜的商品输入额在短短时间内，从占朝鲜外国商品输入中的19%上升到45%，虽然与日本还有一定的差距，但其发展速度已相当惊人。在李鸿章的保举、提携下，袁世凯的仕途也一帆风顺，由知府至候补道并赏加二品衔，1893年，又被补授为浙江温处道，仍留在朝鲜。
也正因如此，日本人一直对袁世凯恨之入骨，把他看作侵略朝鲜的最大障碍，多次试图寻找机会把他赶走。李鸿章就曾经说过，袁世凯“历年驻韩据倭，与倭夙嫌已深”。以至于国内有人在甲午战后把袁世凯当作引发战争的罪魁祸首，其最主要的证据就是他在朝鲜的所作所为。“虽曰尊中朝，而一味铺张苛刻。视朝鲜如奴，并视日本如蚁，怨毒已深，冥然罔觉。”袁世凯是否是战争的罪魁祸首另当别论，但他与日本人的矛盾却是不争的事实。
3.甲午中日战争前的对日交涉
甲午战前十年间，日本迫于形势对朝采取“退婴政策”，即相对和缓的政策，并默许清政府在朝鲜的特殊地位，却并没有从根本上改变其扩张政策，“征韩论”与“惩清论”的呼声在日本国内始终没有间断过。尤其是19世纪90年代后，伴随着国力的进一步增强和国际环境的变化，国内的扩张主义开始在政府政策中占据上风，对朝鲜重新采取积极扩张政策就成为势所必然，所缺少的只是时机和机会而已。1894年4月，朝鲜爆发了大规模的反对贪官苛政的“东学道”起义，给日本提供了借题发挥的绝好机会，从而成为中日战争的导~火~索。
早在1893年，日本国内已经在酝酿对朝政策的转变，而袁世凯却多次向李鸿章报告说:“揣倭时势，决不敢与华生衅，特知华志传和局，故为跳梁，冀售诡谋。倘华牢持定见，不稍假借，倭自必改图。”东学道起义爆发后，日本出兵朝鲜的传言越来越盛，但袁世凯仅依靠派员对日本使馆的刺探和自己长期以来的经验判断说:“应不至遽有兵端，调兵来韩说或未必确。”朝鲜官军镇压东学道起义不力，屡遭挫败，甚至威胁到了京城的安危，被迫向清政府求援。
而在清政府方面，出兵与否，日本方面的态度如何至为关键，身在朝鲜的袁世凯的意见就显得相当重要。袁氏本人对出兵援助本来就十分热心，在他看来，宗主国代为出兵戡乱是理所当然的事情，所以朝鲜一提出要求，他就积极地表示赞同。在日本方面，其驻朝使馆人员向袁世凯刺探情况，并极力怂恿华夏出兵，并且表示日本“必无他意”。
在这种情况下，袁世凯电告李鸿章:“韩归华保护，其内乱不能自了，求华代勘，自为上国体面，未便固却？？如不允，他国人自有乐为之者，将置华于何地？自未必不可却之举。”至于日本方面，袁世凯认为根据条约日本没有出兵的理由，再加上朝鲜和各国的反对，日本肯定不会出兵。“日如多事，似不过藉保护使馆为名，调兵百余来汉。”这些意见，对清政府最终决定出兵朝鲜起了很大的推动作用。
不过，让袁世凯始料不及的是，日本方面早已开始秘密动员，做好随时出兵的准备，甚至决定一等华夏出兵，就采取军事行动。1894年6月3日清政府决定出兵，6月6日通知日本方面，6月7日日本也宣布出兵朝鲜，6月8日日军即开始大批开进朝鲜。应该说，在这一问题上，袁世凯的情报和判断都出现了严重的失误。究其原因，一方面，与他长期以来低估日本实力的心理有很大关系，另一方面，他对敌情并无可靠的情报来源渠道，对日本方面知之不多。袁的失误直接影响了清政府的决策，应该说是甲午战争爆发的一大诱因。
日本出兵朝鲜既然已成事实，袁世凯就在李鸿章的指示下与日本进行关于撤兵问题的交涉。他一方面直接和日本驻朝外交人员接触，希望和日本公使直接谈判，另一方面指示朝鲜方面抗议日军登陆，并尽力阻止日军进驻汉城。另外，他还积极联络驻朝的外国外交团，企图利用他们的力量阻止日军进入汉城。但是，日本人这次有备而来，再加上朝鲜政府软弱无力，列强的调解口是心非，袁世凯的一切努力均告失败，6月9日，他向李鸿章报告说:“惟倭今年因韩轻侮顽疲，迭有应照约驻兵挟制之议。今果趁机行，似非口舌所能阻，即来又恐非暂时所能去。”至此，袁一改以往对日本的轻视，意识到了事态的严重。
日军侵入朝鲜后步步紧逼，要求朝鲜改革内政，不承认华夏的宗主国地位，加剧中日冲突。而主持对朝政策的总理衙门和李鸿章虽然也认识到了日本的野心，但是坚持外交重于军事，期待列强的调和，不愿意大举增兵。在这种局势下，袁世凯虽然在朝鲜努力交涉，却毫无结果，已意识到战争不可避免，因此他开始建议清政府增兵朝鲜，并酌请英、俄等国调停，军事与外交并用。6月18日，他接连建议李鸿章增兵说:“倭势甚凶悍，各国员(指各国公使)殆已无可如何。”
“凯迭与(日本公使)商，均反复，极可恨，恐非口舌所能争。”“似应调南北水师，迅来严备，续备陆兵。”其后，日本利用优势军事力量一步步开始把持朝鲜政局，排斥华夏势力，朝鲜内部亲~日派势力日益嚣张。对此，袁世凯已经认识到仅靠外交调停“恐无益，徒误我军机”，建议清政府早做军事筹划，应付已经不可避免的战争，但没有被接受。他本人在朝鲜的处境也日渐艰难，为脱离危险，请求回国。7月19日，袁世凯乘船回天津，此时的中日战争已经是一触即发了。